沙眼衣原体有沙眼亚种和性病淋巴肉芽肿亚种，可引起人类疾病。沙眼亚种可通过直接和间接接触引起沙眼，通过性接触可引起包 涵体结膜炎和非淋球菌性泌尿生殖道感染，通过产道感染新生儿可引起急性化脓性结膜炎(脓漏眼)等；性病淋巴肉芽肿亚种在男性引起 腹股沟淋巴结化脓性炎症和慢性淋巴肉芽肿，在女性引起会阴、肛门和直肠炎症，造成组织狭窄与梗阻。