毒合成的蛋白质有早期蛋白和晚期蛋白之分。在病毒核酸复制前所合成的蛋白称为早期蛋白，在病毒核酸复制后所合成的蛋白称 为晚期蛋白。早期蛋白是一种功能性蛋白，一般为非结构蛋白，包括合成核酸所需要的酶(DNA或RNA多聚酶)，抑制宿主细胞蛋白质与核 酸合成的调控蛋白以及指导病毒合成序列的调控蛋白。绝大多数结构蛋白都是晚期蛋白。